Como demuestran algunos restos, los primeros habitantes de los que se tiene constancia fueros los íberos. A 2 km. Del casco urbano en el paraje denominado La Losa se encontró la figura de un caballo enjaezado del s.V a.C. que hoy se puede ver en el Museo Provincial de Albacete, también se encontró El Thoracato.
El concejo medieval de Alarcón reconquista entre 1211 y 1217 la zona de Casas Ibáñez, incluída Casas de Juan Núñez.
Después de la reconquista cristiana la provincia vuelve a diversificarse en comarcas, perteneciendo Casas de Juan Núñez al Marquesado de Villena, dependiente de la diócesis de Cartagena.
Durante la Edad Moderna, las poblaciones que antiguamente formaban parte del Marquesado de Villena, quedaron englobadas en una especie de provincia castellana que se llamaba “Gobierno del Marquesado de Villena”, con la capital en Chinchilla. Eran los lugares de “la otra parte del río”, término que se aplicaba para que se diferenciaran de la villa que los gobernaba.
Tras la derrota del Marqués de Villena frente a los Reyes Católicos, fue decisiva en la Guerra de Sucesión Española la batalla de Almansa, que terminó con la victoria de Felipe V y el establecimiento definitivo de la dinastía de los Borbones en el trono español.
En el siglo XVIII y principios del XIX, hasta la creación de la actual provincia de Albacete, el territorio se encontraba dividido en tres provincias distintas: Murcia, Cuenca y La Mancha. Las Casas de Juan Núñez pertenecían a la provincia de Cuenca, junto con otros 29 municipios actuales. El 30 de noviembre de 1833 se crea la provincia de Albacete, dentro de la que se encuentra las Casas de Juan Núñez.
Las primeras noticias de estos lugares pertenecientes a los que hoy es el término municipal de Casas de Juan Núñez, hacen referencia a un documento Real del 27 de mayo de 1655, donde se le concede a la Villa de Jorquera el poder de explotar la Dehesa del Cañadorro, que entonces abarcaba desde el río Júcar hasta el paraje del Navazo y por tanto incluía el sitio donde estaba ubicada la aldea de Casas de Juan Núñez.
En esta época, nuestro pueblo era solo una aldea que pertenecía al Estado y Villa de Jorquera, constituida ésta, en una de las Plazas más fuertes del marquesado de Villena.
El cambio en la propiedad de manos de la nobleza a manos de familias pudientes, provocó que muchas extensiones de terreno fueran compradas. El nombre del topónimo “Juan Núñez” quizá se deba aun mayorazgo de esta familia cuyo linaje estaba establecido en la Ciudad de Chinchilla”. (Bibliografía: Heráldica Municipal de la Provincia de Albacete. I.E.A. 1991).
Posteriormente, el lugar de Casas de Juan Núñez, viene mencionado en una carta del 1 de marzo de 1707, en la cual los moradores de nuestro pueblo presentaron a dos mozos para la recluta de soldados que pedía el Obispo de Cartagena, General de las tropas del Regimiento de Murcia.
Hay también un decreto del 8 de diciembre de 1708, que se encuentra en el libro de acuerdos de 1700-1712 de la Villa de Jorquera, donde se embarga trigo a las aldeas de Casas de Juan Núñez, Campo-Albillo, Ayuntamiento de Golosalvo y Casa de Velastegui. Esto demuestra que nuestro pueblo era uno de los máximos productores de trigo y por tanto aunque no tenía Ayuntamiento propio, como lo tenían otras nueves villas pertenecientes al Corregimiento de Jorquera, sin embargo si constituía un sitio importante por su potencial económico-agrario.
En todo el Siglo XVIII, Casas de Juan Núñez siguió siendo una aldea muy importante del Estado de Jorquera, y hasta el principio del Siglo XIX no se constituiría como Ayuntamiento propio.
Según el diccionario de Madoz, en el siglo XIX, Casas de Juan Núñez tenía “150 casas distribuidas en varias calles anchas, pero sin alinear y de mal piso por carecer de empedrado; una plaza de figura irregular; un pósito pío, fundado por el cardenal Belluga [...] escuela de instrucción primaria, que sirve el secretario del Ayuntamiento por una pequeña retribución, y una iglesia parroquial (San Pedro ad vincula), servida por un cura de entrada y un sacristán, de nombramiento del diocesano”.
El 23 de Mayo de 1812, sale un decreto real por el que permite a los pueblos de más de 1000 almas, segregarse de los sitios a los que dependían, y aunque Casas de Juan Núñez, no las tenía, si disponía de gran riqueza territorial suficiente como para constituirse por primera vez en su historia como Ayuntamiento propio, como demuestra una carta del Alcalde de Jorquera al señor Intendente de la Diputación Provincial de Cuenca, fechada el 22 de marzo de 1814 en Jorquera y donde dice:
Son ciento cuarenta vecinos con más de 50 pares de mulas en labor, con muchas tierras y haciendas, que en lo que apoyado la extensión de su término, con muchos y grandes averíos de yeguas de vientre, … y otras caballerías y ganado y con otros productos y utilidades que hace floreciente su riqueza territorial, industrial y comercial.
En Diciembre de 1813 se practica el expediente instructivo en Casas de Juan Núñez sobre el señalamiento del término jurisdiccional por el Comisionado del Intendente, Don Juan Antonio Vergara; y en este mismo mes se aprueba una Orden para el pago de contribuciones de la jurisdicción de Jorquera y donde está incluido el Ayuntamiento de Casas de Juan Núñez con el pago de 10.000 reales de vellón, a los que el Alcalde don Andrés Fernández Ochando se niega a pagarlos. En este momento se producen situaciones anecdóticas y curiosas donde el entonces Alcalde de nuestro pueblo, don Andrés Fernández Ochando, rechaza al alguacil de semana Andrés Pardo Nohales, que fue enviado por el Alcalde de Jorquera don Benito Ortega para traer la Orden de oficio y cobro de la contribución. El Alcalde de Jorquera se siente agraviado por esta ofensa y dicta auto de procesamiento contra el Alcalde de Casas de Juan Núñez, pidiendo también la intervención del Intendente de San Clemente; este al fin, rebaja la renta a un tercio del valor total.
En la carta que manda el Alcalde de Jorquera al señor Intendente del 22 de Marzo de 1814, expone la situación siguiente:
Como las Casas de Juan Núñez han sido miradas y tratadas con la mayor consideración por este Ayuntamiento que les ha designado una cantidad tan módica cual es los 10.000 reales con respecto a su mucha riqueza en los tres ramos, sobre que descansa la contribución que son las sustancias de la riqueza de esta Villa y su jurisdicción que solo cinco vecinos de aquel pueblo deben y pueden pagar los 10.000 reales. Y tendrán valor los de Casas de Juan Núñez para proponer que es excesiva la contribución de los 10.000 reales.
Hay también una carta anterior a esta del 29 de Enero de 1814, en la que se dirige D. Andrés Fernández Ochando al Alcalde de Jorquera diciéndole que está esperando el dictamen del Intendente para pagar los 10.000 reales y seis maravedíes, que se encuentra fechada y firmada por el Alcalde en Casas de Juan Núñez.
Más tarde, en el 1815, con el reinado absolutista de Fernando VII, se suprimirían muchas Alcaldías, y entre ellas estaba también nuestro pueblo por tanto a partir de esta época pasó a pertenecer otra vez al Ayuntamiento y jurisdicción de la villa de Jorquera. En las actas de sesiones del 6 de enero de 1824 de Jorquera, se nombra Comisionado para el lugar de Casas de Juan Núñez a Francisco Mateo, y en la del 19 de Mayo de 1825, se nombra como Comisionado a Diego Galdámez.
Posteriormente por un Real Decreto se vuelve a constituir un Ayuntamiento propio, este decreto se encuentra en el Boletín Oficial de la Provincia de Albacete de 1836: B.O.P. – Gobierno Civil de esta provincia – S.M. la Reina Gobernadora (Isabel II) se ha servido conceder a las aldeas de Bonete, Higueruela y Casas de Juan Núñez la formación de Ayuntamiento propio. Dios guarde a V. V. muchos años. Albacete 1º de Enero de 1836. Gisbert.
El Acta de Constitución del nuevo Ayuntamiento de nuestro pueblo no ha sido posible encontrarla.
En el B.O. de Albacete de 1837, el número 39 del miércoles 17 de Mayo de dicho año hay una relación del pago de los pueblos a la Diputación Provincial del impuesto por los gastos de esta y nuestro pueblo consta en dicha relación con 154 vecinos y con el pago de 286 reales y 30 maravedíes; y en el nº 83 del mismo B.O. del 25 de Octubre, se detalla la repartición de 6.000 reales por la diputación a los pueblos de la Provincia, donde consta las Casas de Juan Núñez que le corresponden 21 reales y 33 maravedíes.
Casas de Juan Núñez estaba constituida por dos barrios: Cuevas Nuevas y Puertollano, mientras se producía un aumento de su población, que se mantuvo hasta después de la Guerra Civil. En los años 50, el municipio alcanza su tasa poblacional más alta, pero se verá frenada en la década de los 60 y 70 por la emigración hacia las provincias de Levante y a las ciudades mayores del país.